\chapter{Obsah priloženého CD}

Obsah priloženého CD nosiča je organizovaný nasledovne:
\begin{itemize}
\item \textbf{programatorska\_dokumentacia/} \\
adresár obsahujúci vygenerované dokumentácie programom Doxygen
	\begin{itemize}
	\item[{$\bullet$}] \textbf{format\_hmtl/}
		\begin{itemize}
			\item[{$\bullet$}] \textbf{index.php}
			\item[{$\bullet$}] \textbf{...}
		\end{itemize}
	\item[{$\bullet$}] \textbf{programatorska\_dokumentacia.pdf}
	\end{itemize}
\item \textbf{projekt\_pre\_linux\_a\_testovanie/} \\
zdrojové kódy pre linuxový operačný systém
	\begin{itemize}
	\item[{$\bullet$}] \textbf{include/}
		\begin{itemize}
		\item[{$\bullet$}] \textbf{...}
		\end{itemize}
	\end{itemize}
	\begin{itemize}
	\item[{$\bullet$}] \textbf{src/}
		\begin{itemize}
		\item[{$\bullet$}] \textbf{pdb\_database/} \\
		niekoľko vybraných súborov reprezentujúcich jednotlivé bielkoviny
			\begin{itemize}
			\item[{$\bullet$}] \textbf{...}
			\end{itemize}
		\item[{$\bullet$}] \textbf{configuration.xml} \\
		konfiguračný súbor
		\item[{$\bullet$}] \textbf{execute\_tests.sh} \\
		hlavný skript pre spustenie viacero inštancií
		\item[{$\bullet$}] \textbf{get\_sim.sh} \\
		skript pre spracovanie
		\item[{$\bullet$}] \textbf{ids\_complete\_diff.txt} \\
		súbor s identifikátormi neklasifikovaných proteínových štruktúr
		\item[{$\bullet$}] \textbf{ids\_complete\_orig.txt} \\
		súbor s identifikátormi klasifikovaných proteínových štruktúr
		\item[{$\bullet$}] \textbf{...}
		\end{itemize}
	\end{itemize}
\item \textbf{projekt\_pre\_visual\_studio/} \\
spustiteľný projekt pre program Visual Studio (optimalizovaný pre verziu 2012)
	\begin{itemize}
	\item[{$\bullet$}] \textbf{...}
	\end{itemize}
\item \textbf{spustitelny\_program\_pre\_windows/} \\
adresár so spustiteľnou verziou programu
	\begin{itemize}
	\item[{$\bullet$}] \textbf{ProSSiGen.exe} \\
	hlavný spustiteľný program
	\item[{$\bullet$}] \textbf{...} \\
	\end{itemize}
\item \textbf{pdb\_database.rar} \\
archív s kompletnou sadou proteínových štruktúr pre testovacie účely
\item \textbf{bakalarska\_praca\_miroslav\_siagi.pdf} \\
text tejto bakalárskej práce
\item \textbf{ukazka\_dat\_vysledkov\_testovania.rar} \\
archív obsahujúci adresár s podadresármi (s celkovým počtom súborov približne 100 000), ktoré sú pomenované podľa ID neklasifikovanej štruktúry so zaznamenanými hodnotami RMSD
\item \textbf{uzivatelska\_dokumentacia.pdf} \\
užívateľská dokumentácia
\end{itemize}


